Mengenal situs NCBI

APA ITU NCBI ??? kata NCBI baru sy dengar pada saat sy kuliah di jurusan biologi dengan memprogram matakuliah Evolusi. Hal ini karena berhubung dosen yang mengajarkan mata kuliah tersebut adalah orang yang selalu aktif berhubungan dengan NCBI. Kemudian, dalam mata kuliah Genetika dengan dosen yang sama sy dapat mengetahui lebih lanjut dan salah satu manfaat dari situs NCBI. Manfaatnya yaitu sy dapat memperoleh  informasi berbagai macam peta genetika dari suatu organisme (yang sudah terdata). 

yaa itulah sekilas basa basi awal dari sy mengenal NCBI. Ookey, sy akan lanjut memperkenalkan situs NCBI kepada teman2 yang juga baru mengenalnya dan ingin mencari tahu lebih jauh tentangya.

LATAR BELAKANG NCBI

NCBI kepanjangan dari National Center for Biotechnology Information adalah sebuah situs layanan yang menyediakan berbagai informasi hasil dari penelitian-penelitian seputar bioteknologi yang dilakukan oleh para ilmuan bari berbagai belahan dunia.
NCBI didirikan pada tahun 1988 di Bethesda, Maryland yang disponsori oleh senator Claude Pepper. NCBI awalnya merupakan bagian dari National Library of Medicine (NLM) sebuah cabang dari National Institute of Health. NCBI adalah instansi yang bertanggung jawab untuk menciptakan sistem otomatis untuk menyimpan dan menganalisis perkembangan yang sangat pesat dari data genetik dan molekuler. Salah satu tantangan yang paling sulit dihadapi dalam bidang informatika adalah bagaimana untuk menyimpan, dengan cara yang mudah untuk diakses, informasi baru yang berlimpah, termasuk urutan genom keseluruhan, penemuan berkelanjutan gen baru dan produk gen, dan penjabaran fungsi dan strukturnya.  NCBI didirikan sebagai respon pemerintah terhadap kebutuhan untuk metode informasi lebih lanjut dan metode yang lebih baik memperoleh informasi dalam mengatasi tantangn tersebut.

Misi NCBI adalah untuk mengembangkan teknologi informasi baru untuk membantu dalam pemahaman proses molekuler dan genetik yang mendasar yang mengontrol kesehatan dan penyakit. Mandatnya mencakup empat tugas utama, yaitu :

* melakukan penelitian dengan metode canggih dalam pengolahan informasi berbasis komputer untuk menganalisis struktur dan fungsi penting molekul biologis

* menciptakan sistem otomatis untuk menyimpan, mengambil dan menganalisis pengetahuan tentang biomolekuler, biokimia, dan genetika.

* memfasilitasi penggunaan database dan perangkat lunak oleh para peneliti bioteknologi dan tenaga medis

* mengkoordinasikan upaya-upaya untuk mengumpulkan informasi bioteknologi diseluruh dunia. 

TAMPILAN NCBI

tampilan halaman awal dari situs NCBI

NCBI merupakan server yang memuat data base tentang informasi kesehatan dan bioteknologi. Data base terus menerus di update sesuai dengan penemuan-penemuan terkini yang menyangkut DNA, Protein, Senyawa aktif dan taksonomi. Disamping data base, NCBI juga menyediakan berbagai macam software untuk analisis DNA, protein 3D, pencarian primer, pencarian conserve doamain dan lain sebagainya. NCBI merupakan salah satu BANK DATA GEN, protein dan literature khususnya dibidang kesehatan yang terlengkap dan di acu oleh para peneliti didunia. NCBI memiliki database dan software (analysis tools), yang sering digunakan untuk analisis adalah sebagai berikut:

A. DNA-RNA TOOLS

   1. Gen Bank

     Bank Gen ini bagian dari database nukleotida internasional yang bekerja sama dengan DataBank of Japan (DDBJ), the European Molecular Biology Laboratory (EMBL), and GenBank at NCBI.

   2. BioSystem

     Database yang berisi tentang korelasi biologi dari gen, protein dan small molecule berdasarkan literature. Kita dapat menggunakan untuk menganalisis fungsi protein dan interaksi protein yang kita teliti pada level sel. System ini terhubung dengan beberapa database biosystem seperti reactome dan KEGG. Misalnya kita ingin mengetahui keberadaan/fungsi protein p53 di dalam sel, maka tinggal memasukkan p53 kedalam keyword box, maka akan diperoleh hasil seperti dibawah yang menunjukkan p53 berfungsi sebagai DNA-damage response yang terdapat di database reactome. 

   3. Database of Expressed Sequence Tags (dbEST)

     GenBank yang berisi short single-pass reads of cDNA (transcript) sequences/EST

   4. Database of Genome Survey Sequences (dbGSS)

     GenBank yang berisi short single-pass reads of genomic DNA/GSS

   5. BLAST 

     Software yang dapat digunakan untuk menentukan homologi suatu urutan DNA atau asam amino dengan data yang ada di NCBI. BLAST memiliki beberapa pilihan menu sesuai dengan analisis yang akan dikerjakan.

B. SEQUANCE ANALYSIS

    1. Primer-BLAST

      Software yang dikembangkan dari algoritma PRIMER3 untuk mendesain primer berdasarkan sequence yang dimasukkan. Software ini dilengkapi dengan fasilitas automatis BLAST urutan PRIMER hasil prediksi dengan genbank untuk memperoleh primer yag spesifik. 

    2. Open Reading Frame Finder (ORF Finder)

      Software yang diperuntukkan untuk mengidentifikasi OFR (open reading frames) atau menterjemahkan urutan DNA menjadi asam amino (gambar di bawah adalah contoh hasil analisis dengan ORF).

C. DOMAIN & STRUCTURE (struktur protein)

    Beberapa sekuens protein memiliki motif asam amino yang membentuk struktur terkarakteristik. Prediksi struktur tersebut berasal dari sekuens yang tersedia. Kebanyakan metode yang digunakan untuk membuat struktur protein dua dimensi maupun tiga dimensi tersebut hanya memiliki tingkat akurasi 70-75 %. Namun akurasi tersebut dapat meningkat seiring dengan semakin banyaknya penelitian yang dilakukan di bidang bioinformatika. Tampilan yang diberikan dalam bentuk 3 dimensi.

D. PubCham OVERVIEW

    PubChem menyediakan informasi mengenai property dan aktivitas biologis dari satu molekul. Program ini merupakan bagian dari NIH's Molecular Libraries Roadmap Initiative. Informasiinfor, asi yang dapt diakses melalui PubChem meliputi substansi suatu molekul, struktur penyusun, dan data Bioactivity, semua itu secara berturut-turut ada pada 3 database primer yaitu Pcsubstance, Pccompound, dan PCBioAssay.

akhirnya, hanya ini dulu yang bisa sy bagikan kepada teman2. InsyaAllah nanti sy akan memposting bagaimana cara memperoleh sebuah data genetika dari situs NCBI. 

sumber :

- Introduction to NCBI, http://cnx.org/content/m10995/latest/

- NCBI, http://en.wikipedia.org/wiki/National_Center_for_Biotechnology_Information

- http://arfinwijayacyber.wordpress.com/2011/11/13/apa-itu-ncbi/

- PENGENALAN NCBI UNTUK ANALISIS DNA, PROTEIN DAN SENYAWA KIMIA, WIDODO, MIFTAKHUNNAFISAH, LABORATORIUM BIOSISTEM FAKULTAS MATEMATIKA dan ILMU PENGETAHUAN ALAM, UNIVERSITAS BRAWIJAYA, MALANG, 2010.